在迷失岛2中开启二周目是完全可行的，但需要满足特定条件。二周目并非简单重复一周目的内容，而是包含新的谜题、道具和隐藏剧情，甚至涉及更深层次的真相探索。想要进入二周目，玩家必须先完整通关一周目，随后在游戏主界面选择新游戏并确认覆盖存档。系统会提示擦除当前记录，选择继续即可进入二周目。需二周目并非独立模式，而是基于一周目通关后的继承性内容，部分关键道具和线索需要在一周目中获取才能解锁后续内容。
二周目的核心新增内容包括六个三角形石块、两间密室以及部分谜题的调整。游戏初始阶段，玩家会在桥上直接拾取第一块三角形，而其余五块则分布在不同场景，如工厂章鱼怪附近、神庙二楼、飞行器密码箱等位置。这些石块用于开启神庙密室，而密室内的机关则与一周目完全不同。工厂内新增的铁箱需要放入红色眼睛道具才能激活密码装置，其解法需参考神庙密室墙上的章鱼图案。二周目的谜题设计更注重逻辑串联，部分机关需要结合一周目已掌握的线索才能破解。
二周目的关键流程围绕金字塔密室展开。该区域新增华容道谜题，解开后可进入内部空间。玩家需将铁锥放置在光柱中触发NPC对话，获取金字塔密室的最终密码4325，并按此顺序调整钢管长度。这一步骤直接影响结局走向，完成后会开启时空门，进入隐藏剧情。玩家还需留意灯塔二层的红色箱子，获取船票并寄出以解锁邮递员成就。二周目的隐藏要素较多，包括漂流瓶数字谜题、致谢名单中的密码线索等，均需仔细探索才能完全收集。
二周目的叙事结构比一周目更复杂，部分剧情只有通过多周目才能完整理解。金字塔门口的墙壁裂缝可查看人员名单，结合关于页面的符号对应表，能破译出两组关键数字20000415和82574751。这些线索与游戏世界观设定紧密相关，进一步揭示了迷失岛的时间循环机制。二周目通关后，玩家仍可继续探索未完成的支线，但核心剧情不会重复触发。若希望完全体验游戏内容，建议在二周目阶段系统梳理所有新增谜题，并对照一周目存档查漏补缺。
