电视剧卧虎藏龙的主线情节围绕清朝光绪年间内忧外患的动荡时局展开，以边疆总兵玉瑞家族、侠客李慕白、俞秀莲等人的命运交织为核心，融合江湖恩怨、家国大义与儿女情长。故事通过多线叙事，展现了人物在时代洪流中的抉择与成长，最终以民族大义为归宿。
剧情始于新疆总兵玉瑞力主拳民抗洋，其女玉娇龙身怀绝技却不满父亲安排的婚约，暗中与沙漠大盗罗小虎相恋。玉瑞奉调进京后，玉娇龙为促成罗小虎建功立业，推动他加入拳民队伍。侠女俞秀莲为寻未婚夫孟思昭及杀父仇人何氏夫妇来到京城，青年侠客李慕白则因追随俞秀莲卷入纷争。京城局势因各方势力汇聚而暗流涌动，反清复明势力与朝廷保守派冲突不断。
孟思昭作为反清组织头领，试图策反罗小虎共同举事，但李慕白主张联合抗外而非内斗，二人理念分歧导致矛盾激化。玉娇龙与罗小虎的爱情因立场差异屡受考验，而俞秀莲与李慕白的情感则因道德约束始终未能明朗。何氏夫妇借官府势力迫害江湖人士，加剧了局势的复杂性。剧中武打场面不仅展现招式之美，更通过动作传递人物心理与关系变化。
故事高潮发生在铁小贝勒设下的比武擂台上，罗小虎战胜李慕白后，孟思昭率众刺杀贝勒未果重伤。李慕白不计前嫌救下情敌，并助玉瑞说服朝廷抗洋。玉娇龙经历变故后交出武林秘籍选择退隐，罗小虎放弃武状元之位远走。结局虽未完全圆满，但人物在民族危难前摒弃私怨，体现了江湖儿女的格局与担当。
该剧通过细腻刻画人物内心矛盾，将武侠精神与历史背景紧密结合。不同于传统武侠的爽快复仇，卧虎藏龙更注重展现人在时代夹缝中的挣扎与升华。剧中武功不仅是技艺，更是角色性格与命运的隐喻，如李慕白的太极哲学、玉娇龙的剑走偏锋都与其人生轨迹呼应。
