丰缘地区二周目的核心内容围绕解锁全国图鉴、挑战对战开拓区以及捕捉稀有神兽展开。开局后主角会从父亲处获得船票，随后博士会将图鉴升级为全国图鉴版本，这是开启后续内容的关键前提。水静市的码头是重要交通枢纽，通过与亚希达对话可获得第二张船票，用于前往对战开拓区。该区域包含七种不同规则的战斗设施，其中对战塔的双打和多人战模式需要特别注意队伍搭配与战术调整。
天空之柱是二周目探索的核心区域之一，需从131航道的特定缺口进入。此处不仅栖息着70级烈空坐，还涉及陨石碎片的收集任务，这些碎片与琉璃市唤醒永恒之花的剧情相关联。在探索过程中，玩家需携带碎岩技能机以清除障碍，同时注意利用冲浪术穿越水域。天空之柱的地形复杂，建议提前规划路线以避免重复绕行。
神兽捕捉环节包含固拉多、盖欧卡等传说宝可梦的再次挑战机会。通过完成熔岩队与水舰队的残余剧情，可触发固拉多与盖欧卡的战斗事件，烈空坐会介入平息纷争。随机出现在丰缘地区的拉帝欧斯或拉帝亚斯需要根据开局选择进行追踪，其出现位置会通过电视新闻提示。幻之宝可梦基拉祈则需通过特殊活动触发。
资源管理与队伍培养方面，二周目新增的努力值训练点分布在秋叶镇音乐室、水晶市草丛等区域。秘密基地系统允许玩家自定义战斗环境，其中部分基地位置隐藏着稀有道具。武斗镇的石之洞窟可获取化石道具，而凯那市的支线任务巨大入侵者完成后会奖励吼鲸王相关道具。建议优先完成这些支线以提升队伍实力。
对战开拓区的设施挑战是检验战术水平的终极考验，各设施首领如工厂首脑达拉、巨蛋女王小蓟等均采用特殊规则。建议携带具备清场能力的宝可梦如噩梦神应对工厂的随机精灵挑战，而巨蛋战需提前研究对手阵容特性。通关四次后与开拓之脑对战可获得银象征，这是解锁隐藏剧情的重要里程碑。
