藏经阁是金庸群侠传3中一个重要的游戏环节，它不仅提供了丰富的武学秘籍供玩家学习，还是提升角色能力的重要场所。藏经阁内分为多个层级，层级越高，所藏的秘籍越为珍贵，玩家需要通过闯关的方式，逐步深入藏经阁，挑战更强大的敌人。在闯关之前，玩家需要对自己的角色进行全面的评估，包括角色的属性、技能以及装备等，根据自身情况，制定合理的闯关计划。
玩家需要学会合理运用角色的技能和装备，以及掌握敌人的弱点。对于擅长近战的敌人，可以使用远程攻击技能进行牵制；对于擅长法术攻击的敌人，则需要保持距离并寻找机会反击。还需要注意敌人的攻击节奏和破绽，灵活应对。善用道具与机关也是提升效率的方法，藏经阁内不仅有敌人把守，还有各种道具和机关可以帮助玩家闯关，例如利用陷阱机关击败敌人，或者使用恢复药剂提升自己的状态。
玩家可以通过小游戏如伐木、打猎、钓鱼等增加力道、灵敏、福缘等属性，上限为100。根骨影响生命值，1点根骨=70点生命，可通过海底采矿增加。定力越高，则被中毒、麻痹的几率越低。这些属性的提升将直接影响玩家在藏经阁中的表现，特别是在高层级的挑战中更为重要。
在藏经阁中，玩家还可以结交其他江湖人士，组成强大的盟友共同闯关。还可以挑战其他高手，切磋武艺。通过结交盟友和挑战高手，不仅可以提升自己的战斗经验，还可以学习到更多高超的武学技巧。需每加入一个队友都要郑重考虑，因为当队伍中已有四名队友时，其他队友将不会加入。
