化石蛋的获取与处理是推进剧情的关键环节。化石蛋需要通过特定方式从甲板上的西装男子处获得，将蓝色羽毛交给他后，他会打开旅行箱并提供一枚化石蛋作为回报。该道具外观为坚硬外壳包裹的种子状物体，需进一步加工才能发挥作用。
化石蛋的后续处理需前往工厂区域完成。工厂内设有一台碾压机，将化石蛋放置于操作台并拉下红色摇杆后，机器会将其压碎并露出内部空心结构。玩家可从中获取一枚小型种子，该种子是触发时间线变化的核心道具。工厂大门密码需通过前期解谜获取，若未解锁则无法进入关键区域。
时间线切换机制是处理化石蛋的重要环节。携带种子返回过去时间线，将其交给海边男孩后，再切换至现在时间线可观察到种子已成长为大树。此设定体现了游戏非线性叙事的典型特征，玩家需在不同时间线间反复切换以推进解谜进程。成长后的大树可作为攀爬通道，通往悬崖区域的火箭装置。
化石蛋相关谜题的设计逻辑遵循游戏核心机制。从获取羽毛到最终培育植物的过程涉及灯塔解密、工厂机关、时间机器操作等多个系统，各环节需严格按顺序触发。玩家需注意保管好漂流瓶、异形钥匙等关联道具，任何关键物品缺失都可能导致流程中断。该设计体现了开发者对谜题连贯性的严谨考量。
作为连接现代科技与远古文明的信物，其设定暗含对生命起源的隐喻。游戏通过化石蛋的解密过程，逐步揭示岛屿隐藏的生态循环系统，这种将道具功能与世界观构建相结合的手法，提升了整体叙事深度。玩家在操作过程中能自然理解开发者的设计意图。
从技术层面看，化石蛋谜题涉及物品交互、环境变化、多时间线联动等复合机制。这类设计要求玩家建立全局思维，将分散在各场景的线索进行逻辑整合。游戏并未提供明确指引，而是通过环境细节暗示操作方式，这种设计既保持了解谜挑战性，也避免了过度提示带来的体验降级。
